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VMDの使い方

  1. 表示の仕方
    1. [File] -> [New Molecule]をクリックし、ウィンドウを開く
    2. [Browse]をクリックし、表示したい分子のxyzファイルを選択
    3. [Determine file type]でファイル形式を選択
      ただし、ティンカーで作ったxyzファイルは"xyz"ではなく"Tinker"を選択
    4. [Load]をクリック
    注意：日本語fontに対応していない
    日本語のフォルダ名はもちろんデスクトップ上のフォルダも利用できない
    （フルパスが"デスクトップ"ではなく"Desktop"と表示される場合は問題ない）
  2. 表示形式などの変更
    [Graphics] -> [Representations]をクリックし、ウィンドウを開く
    1. 分子の複製及び削除
      複製または削除したい分子を選択し、"Create Rep"または"Delete Rep"を選択
      注意：複製した分子は元の分子と重なっているのでそのままでは見えない
    2. 分子の色の変更
      [Draw style] -> [Coloring Method]から選択
    3. 表示形式の変更
      [Draw style] -> [Drawing Method]から選択
    4. 表示するものの変更
      1. [Selections]を選択
      2. [Reset]をクリックし、現在の選択しているものを消す
      3. 表示させたいものをダブルクリックし、[Apply]をクリック
  3. 動画の作成方法
    1. VMDのツールバーから
      [File] -> [New Molecule] -> [Browse]をクリックし、arcファイルを選択する。
      Determine file type は"Tinker"を選択する。
    2. [Load]のクリックし、arcファイルのローディングを待つ。
    3. [Graphics] -> [Representations]をクリックし、計算した分子の表示方法の設定を決める。
    4. 分子表示画面において、分子をマウスでドラッグして分子の角度を調節し、マウスのホイールで分子の大きさを調節する。
    5. [Extensions] -> [Visualization] -> [Movie Maker]]をクリックし、ウィンドウを開く。
    6. [Renderer] -> [Internal Tachyon(Ray Tracer)]を選択する。
    7. [Movie Setting]の[Trajectry]を選択し、[Delete image files]のチェックを外す
    8. [Set working directory]をクリックし、保存先を選択する。
    9. [Make Movie]をクリックすると、viiiで選んだ場所に各フレーム毎のbmpファイルが出力される。
      注：ここでは単にフレーム毎の画像ファイルが作成されるだけである。
    10. bmpファイルのファイルサイズおよび解像度を小さくするため、リサイズ超簡単!Pro（RCKP.exe）を起動する。
    11. リサイズ超簡単!Proの[フォルダ選択]から、ixで作成したbmpファイルのフォルダを選択する。
    12. [保存先]、[サイズ]、[補間方法]、[フォーマット]をそれぞれ選択し、[変換開始]をクリックすると変換が開始される。フォーマットはpng形式を推奨。
    13. フレームごとの画像ファイルを連結して、動画化するためにakJ Betasを起動する。
    14. [ウイザード] -> [画像から動画]をクリックし、ウィンドウを開く。
    15. [画像フォルダ]の[参照]からxiiで出力した画像ファイルを選択し、[画像連番から動画]をクリックする。
    16. [画像サイズ]を選択し、終了をクリックしてウィンドウを閉じる。
    17. [Text-Douga]をクリックし、[映像のみ変換する]、[ファイルベース名]、[保存先]、[Avi動画形式で出力]を選択する。
    18. [動画を作成]で動画が作成される。
    VMDの注意事項

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