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ティンカーでMDを行うためのメモ

1. protein.exe
   コマンドプロンプト上でペプチドが作成可能
1. xyzファイルを作成する場所(full path)、作成するファイル名、使用する力場パラメーターファイル(full path)で入力
   （キーファイルがあれば力場パラメーターファイルの入力は不要）
2. 作製するペプチドの配列を入力
   αヘリックス作成例
   Lys -57 -47 ↵
   Lys -57 -47 ↵
   Lys -57 -47 ↵
   Leu -57 -47 ↵
   Val -57 -47 ↵
   最後の残基を入力しEnter(↵)した後、「N ↵」と入力
   角度を入力しないと直線状になるので、ファキオ等で確認すること
2. analyze.exe
   
   1. コマンドプロンプト上で「analyze」タイプ
   2. 解析したいファイルをドラッグ＆ドロップし、“”記号を削除
   3. amber99.prm等、力場パラメーターファイルをドラッグ＆ドロップ、“”記号を削除
      （キーファイルがあれば力場パラメーターファイルの入力は不要）
   4. 「E」とタイプ後、Enterすると、ポテンシャルエネルギーなどの値が算出
   表示される選択しは以下の通りである
   
   • General System and Force Field Information [G]
   • Force Field Parameters for Interactions [P]
   • Total Potential Energy and its Components [E]
   • Energy Breakdown over Each of the Atoms [A]
   • List of the Large Individual Interactions [L]
   • Details for All Individual Interactions [D]
   • Electrostatic, Inertial & Virial Properties [M]
   • Connectivity Lists for Each of the Atoms [C]
   analyze.exeを解析したいxyzファイルと同じ場所に置いておくと、Path指定の手間が省ける
   注意：ファキオやTeraPad等、関係のないものは閉じておいた方が良い
3. xyzedit.exe
   
   1. 作成するファイル名(*)、力場パラメーターファイルの名前を入力後、Enterすると以下の選択肢が表示される
      （キーファイルがあれば力場パラメーターファイルの入力は不要）
      (1) Offset the Numbers of the Current Atoms
      (2) Deletion of Individual Specified Atoms
      (3) Deletion of Specified Types of Atoms
      (4) Deletion of Atoms outside Cutoff Range
      (5) Insertion of Individual Specified Atoms
      (6) Replace Old Atom Type with a New Type
      (7) Assign Connectivities based on Distance
      (8) Convert Units from Bohrs to Angstroms
      (9) Invert thru Origin to give Mirror Image
      (10) Translate All Atoms by an X,Y,Z-Vector
      (11) Translate Center of Mass to the Origin
      (12) Translate a Specified Atom to the Origin
      (13) Translate and Rotate to Inertial Frame
      (14) Move to Specified Rigid Body Coordinates
      (15) Move Stray Molecules into Periodic Box
      (16) Create and Fill a Periodic Boundary Box
      (17) Soak Current Molecule in Box of Solvent
      (18) Append a Second XYZ file to Current One
   2. 選択肢の番号を入力しEnter（注意：一部の選択肢はEnterを二回押さなければならない）
      • 分子を入力した数値分、並進移動させる場合
        (10)を選択し、X軸方向、Y軸方向、Z軸方向の順に数値(単位はÅ)を入力する
        X軸方向、Y軸方向、Z軸方向それぞれ10Å移動させたければ、"10 10 10"と入力
      • 分子の重心を原点にする場合
        (11)を選択し、Enter
      • Liquid Boxを作成する場合
        (16)を選択し、入れる分子の数、箱の大きさ(単位はÅでX、Y、Zの順)を入力する
        入れる分子の数は「密度×体積×アボガドロ数÷分子量」で求まる
      • Liquid Boxに分子を挿入する場合
        注意：上記aの(*)で入力するxyzファイルは、挿入したい分子のxyzファイル
        (17)を選択し、挿入先のファイル名(**)、力場パラメーターファイルの名前を入力
        基本的に(**)で入力するxyzファイルは、Liquid Boxのxyzファイル
        注意：挿入時に(*)の分子と、(**)の分子が重なった場合、(**)の分子の方は消去される
4. minimize.exe
   
   1. minimizeさせたいxyzファイル，xyzファイルのkeyファイル，使用する力場パラメータのprmファイル， minimize.exeを同じフォルダに入れる。
   2. コマンドプロンプトを起動し、aのフォルダに移動する。
   3. コマンドプロンプト上に、
      　minimize.exe [xyzファイル] -k [xyzファイルのkeyファイル] [RMS値] >[minimizeのlogファイル名]
      の順で1項目ごとに半角スペースを空けて入力し、enterを押して構造最適化を実行する。
      例）C:\hogehoge>minimize.exe␣Sample.xyz␣-k␣Sample.key␣0.01␣>Sample.log
5. dynamic.exe
   
   1. dynamicsを実行したいxyzファイル，xyzファイルのkeyファイル， 使用する力場パラメータのprmファイル，dynamic.exeを同じフォルダに入れる。
   2. コマンドプロンプトを起動し、aのフォルダに移動する。
   3. コマンドプロンプト上に、
      　dynamic.exe [xyzファイル] -k [xyzファイルのkeyファイル] [ステップ数] [時間単位(fs)] [ダンプ(ps)] [アンサンブル※] [絶対温度] [圧力(atm)] >[Dynamicsのlogファイル名]
      の順で1項目ごとにスペースを空けて入力し、enterを押してdynamicsの計算を開始する。
      例）C:\hogehoge>dynamic.exe␣Sample.xyz␣-k␣Sample.key␣500000␣1␣0.1␣4␣313␣1.0␣>Sample.log
      ※アンサンブルは下記の中から選び、1〜4の番号を選択する。
      1. Microcanonical (NVE)
      2. Canonical (NVT)
      3. Isoenthalpic-Isobaric (NPE)
      4. Isothermal-Isobaric (NPT)

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