ファキオ関連

ファキオでMDを行うためのメモ

ファキオと外部プログラムの関連付け
[Preferences] -> [External Programs]をクリックし、外部プログラム等のPathを入力
以下の説明は、力場にAmber99を選択した場合に相当
ペプチド以外の一般の分子を作成する場合
1. [Edit] -> [Open Edit Tool Box]を開き、作りたいものと似た分子構造を持つものPDBファイルから選びドラッグ＆ドロップ
2. [Edit] -> [Atom]等で加工する
注意：原子は自分の狙った向きに結合させることができず、思い通りの構造を作るのに手こずる
ペプチドを作成する場合
1. [Tools] -> [Builders] -> [Poloypeptide Builder]で出てくるウィンドウに一次構造を入力
2. ファイル名を入力し、[Build]ボタンをクリックする
注意：残基にHIDやHIEを用いると、なぜか作成されない時があるため、それらを使いたい場合は直接protein.exeを使用することを推奨
２分子を単一のxyzファイルに作る

一分子目を表示する
※二分子目を表示すると動かすことが出来ないので、この段階で位置・配向を調節しておく、もしくは調節済みのファイルを開く
[File] -> [Load and Append Another molecule] -> [by Drag and Drop (for all readable format)]を選択し、出てきたウィンドウに二分子目のファイルをドラッグ＆ドロップ
移動などは二分子目しか動かないので、その位置を調節する
※保存すると全体の移動しか出来ないので、この段階で二分子目の位置を調節しておく

PDB形式での保存
[File] -> [Save As] -> [(HETATM / CONECT) format PDB]をクリック
原子に番号を振る
[Miscellaneous] -> [Show] -> [Numberic Labels]をクリック
分子を回転させる
[Untilites] -> [View] -> [Open View Point Controller]をクリックし、表示されるウィンドウで数値を調節
座標軸に沿った回転や平行移動
[Untilites] -> [Adjust Postiion / Tilting Angles]をクリックし、表示されるウィンドウで数値を調節
座標軸も表示され、Orthogonal Projectionで平面表示、Fine adjustmentでより細かい数値の入力ができる
分子を中心に移動させる
[Untilites] -> [Move Whole Molecule] -> [To Center]をクリック
分子の表示方法を変える
[Models]にある[Ball and Stick]や[CPK]など、目的にあったものを選択する
構造最適化(Amber99の場合)
以下の操作は、3番の[Poloypeptide Builder]で作ったペプチドの構造最適化に有効
ファキオで作ったペプチド（２分子の場合も）の構造最適化は、Amber99で行うことはでずMM3で行うことになる(次項目参照)

構造最適化をしたファイルを作成する際は、一度全てのウィンドウを閉じ、関係のないものは開かない状態で作成し始める
でないと、構造最適化前後でエネルギーの変化がなくなる（[Minimize]ボタンを連打すれば上手くいく場合がある）
ファキオでMinimizeする祭のRMSは0.1である
直接Minimize.exeでMinimizeすればRMSを指定でき、0.01にもできる

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